Lost Branch of Legend представляет собой TCG-игру, в которой центральное место занимают персонажи из мира Генсокё. В рамках этой игры игроки занимаются сбором карт, поиском экспонатов и их последующим использованием в сражениях, где применяются уникальные способности героинь. Сюжет игры разворачивается вокруг события, когда принцесса Луны, Кагуя Хоурайсан, проводила экспозицию в Лунной столице. В этот период было похищено Божественное Сокровище, известное как «Драгоценная Ветвь Хоурай». В связи с этим инцидентом Рейм Хакурей получает задание выявить виновника и восстановить утраченный Лунный артефакт. Игровой процесс включает в себя взаимодействие с пятью основными персонажами, каждый из которых имеет два стартовых комплекта снаряжения. В игре представлено более 160 экспонатов, предназначенных для поиска, и 500 карт для коллекционирования. Игроки столкнутся с 55 типами врагов, из которых 23 являются знаковыми фигурами из мира Генсокё. Кроме того, игрокам предстоит выполнить 37 сложных миссий, каждая из которых требует стратегического мышления и глубокого понимания игровых механик.