События игры разворачиваются в 2112 году на планете Земля. Молодой японец Кадзуки Такэмура работает пилотом-испытателем ванзеров в машиностроительной корпорации Кирисима Индастриз. Его, вместе с лучшим другом Рёго Кусамой, начальство отправляет в качестве курьера на военную базу города Йокосука, где по неизвестным причинам происходит страшной силы взрыв. На этом месте история дробится на две сюжетных линии. Первая сюжетная линия, когда в начале игры Кадзуки отправляется на строительную площадку вместе с Рёго, предполагает большинство миссий на стороне USN (Соединённых Штатов Нации). Кадзуки знакомится с учёным USN Эммой Кламски и почти на протяжении всей игры пытается найти и спасти свою пропавшую приёмную сестру Алису.