Вторая часть проекта «Xenonauts», не является непосредственным продолжением первой части, а совершенно новая игра, действие которой происходит в несколько альтернативной вселенной, во время Холодной войны. Разработчики решили перейти на движок Unity3D, чтобы сделать игру трёхмерной и легко модифицируемой. Воздушные сражения (в данной версии ещё недоступны) станут более тактическими и будут происходить в пошаговом режиме, также позволяя участие нескольких истребителей и НЛО одновременно. Враги будут более умными и будут способны адаптироваться к тактическим и стратегическим решениям игрока. Также, у игрока больше свободы действий в плане расширения организации и проведения исследований.