За преданность нужно платить, и никто не знает об этом больше, чем агент Майкл Тортон. Талантливый молодой агент, изгнанный правительством, Тортон — единственный, кто имеет информацию, необходимую для предотвращения надвигающейся международной катастрофы. Чтобы сделать это, он должен отстраниться от людей, которых он поклялся защищать. Игроки определяют пути выполнения различных заданий, выбранные решения и предпринимаемые в каждой миссии действия, и в итоге они трансформируют тип секретного агента Майкла Тортона. Каждый выбор, сделанный игроком, будет иметь последствия для будущего Майкла и судьбы мира.

Alpha Protocol появилась в продаже в цифровом магазине GOG. Игра получила лицензионный саундтрек, поддержку достижений и современных контроллеров, расширенную локализацию и совместимость с актуальными операционными системами.

Летом 2019 года Alpha Protocol сняли с продажи в цифровых магазинах из-за истёкших прав на использованную музыку. Теперь благодаря совместным усилиям GOG, Obsidian Entertainment и SEGA её удалось вернуть в продажу.